สำหรับท่านที่เคยทานน้ำผึ้ง คงจะสังเกตได้ว่าน้ำผึ้งนั้น บางครั้งมีสีสันที่แตกต่างกันออกไป บางชนิดเป็นสีน้ำตาลเข้ม บางชนิดเป็นสีน้ำตาลอ่อน น้ำตาลทอง บางชนิดเกือบใสก็มี
นั่นเป็นเพราะว่าเมื่อผึ้งไปเก็บน้ำหวานมาจากดอกไม้ต่างๆ จะมีอนุเกสรดอกไม้ติดมาด้วยกับน้ำผึ้ง หรือเป็นเพราะสีเฉพาะของน้ำหวานที่ผึ้งดูดกินมา ลักษณะเฉพาะของสิ่งที่ผึ้งกินเข้าไปไม่ว่าจะเป็นกลิ่น หรือสี แทบจะไม่เปลี่ยนแปลงเมื่อมันถูกคายออกมาเป็นน้ำผึ้ง ทำให้เกษตรกรสามารถแยกน้ำผึ้งเป็นแต่ละชนิดได้
บางท่านอาจจเคยเห็นน้ำผึ้งที่มีสีสันแปลกกว่านี้ก็มีมาแล้ว ไม่ว่าจะเป็นสีแดง สีเขียว หรือแม้แต่สีรุ้ง โดยน้ำผึ้งสีเขียวและสีแดง หรือเรียกให้ฟังดูสวย มหัศจรรย์ไปเลยก็น้ำผึ้งสีเลือด และน้ำผึ้งสีมรกต นักวิชาการที่ลงพื้นที่ตรวจสอบให้ความเห็นว่าที่น้ำผึ้งมีสีดังกล่าวนั้นอาจเกิดจากการไปเก็บน้ำหวานจากดอกไม้หรือต้นไม้ที่มียางหรืออนุเกสรสีที่ต่างออกไปจากต้นไม้ชนิดอื่นๆ หรือไม่ผึ้งก็แค่ไปกินน้ำหวานแต่งกลิ่นแต่งสีทั่วไป ตามศาลพระภูมิเจ้าที่ เจ้าพ่อ เจ้าแม่ ในชุมชนมาเท่านั้นเอง
ถ้าถามว่าแล้วแบบนี้จะกินได้หรือเปล่า ได้ค่ะ ถ้าผึ้งกินได้ คุณก็กินได้ เพียงแต่เพราะสีที่มันต่างออกไปทำให้คุณรู้สึกว่ามันไม่น่ากินเท่านั้นเอง
อย่างกรณีฟาร์มผึ้งที่อยู่ใกล้กับโรงงานขนมหวานชื่อดังแห่งหนึ่งในฝรั่งเศส ผลิตภัณฑ์หลักของโรงงานมีสีสันมากกว่าสีรุ้ง ทำให้ฟาร์มผึ้งที่อยู่ใกล้ๆ พลอยได้รับผลกระทบจากการที่ผึ้ง เข้าไปหากินในเขตโรงงานดังกล่าว น้ำผึ้งของทั้งฟาร์ม มีสีสันออกมาหลากหลายสี จนไม่สามารถนำมาจำหน่ายได้ และเกิดการฟ้องร้องจนเป็นข่าวดังไปทั่วโลกเมื่อหลายปีก่อน
มีอีกกรณี ที่ทำให้สีของน้ำผึ้งเข้ม หรือดำ คือเวลาค่ะ น้ำผึ้งที่เก็บไว้นานจะมีสีเข้มจนดำ ยิ่งเก็บในที่ร้อนยิ่งดำเร็วขึ้น เพราะมีปริมาณสารเอชเอ็มเอฟ (HMF) สูง เอชเอ็มเอฟ เป็นชื่อย่อของสารเคมีชนิดหนึ่ง(hydroxy methylfur furaldehyde) ซึ่งเกิดขึ้นอยู่ตลอดเวลา จนเกิดปฏิกิริยาเคมีของการย่อยสลายน้ำตาลฟรุกโทสในน้ำผึ้ง ความร้อนและแสงแดดจะเป็นตัวเร่งให้ปฏิกิริยานี้เกิดเร็วขึ้นดังนั้นจึงควรเก็บน้ำผึ้งไว้ในที่มืดและเย็น แต่ไม่จำเป็นต้องใส่ตู้เย็น
อย่างไรก็ตามสารเอชเอ็มเอฟนี้ จะมีปริมาณน้อยมาก จนไม่น่าจะเกิดอันตรายต่อผู้บริโภค แต่ก็มีการวิจัยกันต่อเนื่อง ถึงผลกระทบของสารดังกล่าว ว่ามันจะมีโอกาสเพิ่มสูงขึ้นจนเป็นอันตรายต่อผู้บริโภคหรือไม่ และสาเหตุแวดล้อมอะไรที่จะทำให้สารนี้เพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว จนก่อให้เกิดอันตรายต่อผู้บริโภค
อย่างไรก็ตามน้ำผึ้งใหม่คุณค่าทางอาหารจะมีมากกว่าน้ำผึ้งเก่า และไม่ควรเก็บน้ำผึ้งนานเกิน 2 ปีเพราะน้ำผึ้งที่เก็บไว้นานคุณค่าทางอาหารจะลดลงเรื่อยๆ เมื่อน้ำผึ้งดำสนิท ก็จะเหลือไว้เพียงความหวานเท่านั้น